水產試驗所高雄分所現址原為英國領事館哨船頭海濱館舍位址所在,而依據相關文獻史料及建築材料形式推斷,建築本體完工於清光緒5年(1879)。同治8年(1869)英商水陸行請得台灣道黎兆棠許可,在哨船頭自費工本填築海灘官地,該地中部地段則又於光緒3年(1877)經台灣道夏獻綸批准,移轉給英國工部使用,光緒4年(1878)開始在此興建領事館所需辦公室、巡捕房及牢房。
日本於昭和元年(1926)正式取得土地所有權,於昭和7年(1932)設立高雄州水產試驗場,主要從事罐頭製造的實驗,此時建築曾作為大幅度修改建。昭和14年(1939)改稱臺灣總督府水產試驗場高雄支場,並於翌年增設水產皮革試驗工場。昭和16年(1941)正式成立水產試驗所高雄支所,從事魚類皮革改造,民國34年(1945)又改稱臺灣省水產試驗所高雄分所,繼續從事水產研究。二戰後60年代做為職務宿舍使用,不久後便閒置,直至102年11月修復完成,開放參觀。